Fotoshooting - Bitte Lächeln!
Mooooooiiiiinsen!
Wenn ich Freitag am Bericht schreiben bin, merke ich immer wie schnell so eine Woche vergeht!
(Ob das wohl auch so wäre, wenn ich am Dienstag Abend schreiben würde?)
Ich darf jetzt schonmal auf das traditionelle Goodie am Ende des Berichts hinweisen:
Wer sich für die Leutchen interessiert, mit denen ich hier oben meine Zeit verbringe, der scrollt einfach runter...
Wir haben nämlich ein Arbeitsgruppenfoto aufgenommen!
Unter dem Bild habe ich dann alle namentlich erwähnt - Damit ihr mal seht, bei wem die ganzen Spieleabende stattfinden
oder wer von den Kollegen beim PubQuiz miträt.
Eine coole Sache und jetzt schon ein sehr schönes Andenken!
Jaja alles hübsche Wissenschaftler auf dem Bild!
Und die können auch fleißig arbeiten ;)
Nebenprojekt 1:
Wie ich schon einige Male erwähnt habe, haben Bin und Ich Pflänzchen wachsen lassen und zwar:
Arabidposis Wildtyp Pflanzen
Arabidopsis JAZ Mutanten Pflanzen (können das Eiweiß JAZ nicht herstellen)
Arabidopsis Little Ninja Mutanten (stellen sehr viel vom Eiweiß Little Ninja her)
Vor etwa 2 Wochen haben wir Samen der Pflanzen ausgesät und wir haben vor, die Pflanzen alle 10 Tage
zu fotografieren, um äußerliche Unterschiede zwischen Wildtyp und Mutanten feststellen zu können!
Diese Woche stand also das erste Foto-Shooting an!
Pflänzchen, bitte lächeln.
Und so habe ich alle einzelnen Töpfe (insgesamt über 60 Stück) in einem kleinen Raum, der extra als
Fotostudio dient mit einer hochwertigen Kamera abfotografiert!
In 10 Tagen steht dann der nächste Shoot an.
Außerdem habe ich bereits letzte Woche erklärt, dass wir mithilfe einer qPCR die Unterschiede in der Genexpression bei denselben Pflanzen untersuchen wollen.
Nun ja, die qPCR von letzter Woche konnten wir am Montag leider nicht auswerten, weil unsere Kontrolle
(das Housekeeping Gen) versagt hat. Hoppla!
Deswegen hieß es dann für mich, nochmal einen Pipettiermarathon starten und Wiederholung des Experiments.
Dieses Mal hat dann alles wunderbar funktioniert und wir konnten tatsächlich unterschiede in der
Genexpression zwischen Wildtyp und Mutantenpflanze festsellen.
So waren zB in den JAZ Mutanten 3 Gene deutlich weniger exprimiert als in der Wildtyp Pflanze.
Das heißt dadurch, dass die JAZ Mutanten kein JAZ herstellen können, ändert sich deren Genexpressionsprofil!
qPCRs sind eine zwar an sich einfache Methode, dennoch habe ich noch nie zuvor qPCRs durchgeführt.
Außerdem ist die Auswertung der Daten am Computer hinterher nicht gerade intuitiv.
Ich bin froh, dass ich schon so viele neue Methoden hier lernen konnte!
Nebenprojekt 2:
Hier lautet das erste Zwischenziel Proteine von Bakterien herstellen lassen.
Die Proteine sind dabei an bestimmte Tags (Anhängsel) geknüpft, die deren Aufreinigung erleichtern und außerdem
gezielte Interaktionen mit anderen Proteinen erlauben!
Seit letzter Woche hatten wir alle Bakterien mit den Genen für die Proteinherstellung versorgt.
Das heißt, diese Woche habe ich die Bakterien kultiviert und die Proteine herstellen lassen.
Am Ende der Kultivierung habe ich die Bakterien in eine Zentrifuge gesteckt und herumgeschleudert.
dadurch setzen sich die Bakterienzellen als Pellet am Gefäßboden ab, das Kulturmedium wird weggekippt
und die Bakterien bei - 20 Grad gelagert.
Nun möchte man nachweisen bzw überprüfen, ob die Bakterien die gewünschten Proteine überhaupt hergestellt haben.
Das macht man zunächst mit der Sodiumdodecylsulfat-Polyacrylamidgelelektrophorese (SDS-PAGE) ;)
Die Bakterienpellets werden aufgetaut und auf 95 Grad erhitzt.
Dann gibt man ein bisschen Puffer zu der Bakteriensuppe und lädt den Mischmasch in ein Gel.
Dann wird eine Spannung an das Gel angelegt, wodurch die Proteine in das Gel hineinlaufen, abhängig von deren Größe.
So kann man die Proteine anhand ihrer Größe zuordnen.
Wir wollten uns nochmals absichern und haben daher eine weitere, genauere Methode zur Proteinidentifikation durchgeführt.
Diese Methode nennt sich "Western Blot".
Hierfür transferiert man die Proteine von dem Gel auf eine Membran, ebenfalls mithilfe von einem elektrischen Feld.
Nun befinden sich auf der Membran aber nicht nur unsere Proteine, die wir detektieren wollen,
sondern auch allerhand anderer Proteine.
Damit wir genau die nicht detektieren, muss man diese Proteine "blocken"...
Und das macht man tatsächlich mit fettarmer Milch ^^
Dann gibt man Antikörper auf die Membran.
Antikörper dürfte Euch etwas sagen, das sind die kleinen Eiweiße, die für unser Immunsystem sehr wichtig sind.
Antikörper binden im Immunsystem gezielt an eingedrungene Fremdkörper und locken dann Immunzellen an, die diese
Fremdkörper bekämpfen.
Das heißt bei der Proteinidentifikation nutzt man das gezielte Binden der Antikörper aus, um seine Proteine zu detektieren.
An den Antikörpern hängt außerdem ein Eiweiß dran, die sog. Meerrettich-Peroxidase.
Dieses Eiweiß kann ein Lichtsignal erzeugen, das sich detektieren lässt.
Das bedeutet, wenn der Antikörper an das Protein auf der Membran bindet und man ein Bild von der Membran macht,
dann kann man ein Lichtsignal durch das Antikörper-gekoppelte Eiweiß detektieren:
Dies dient als Nachweis für das gesuchte Protein auf der Membran.
Bei unserem Wetsern Blot haben wir festgestellt, dass alle Proteine außer die NINJA-Proteine exprimiert werden...
Das heißt, nächste Woche müssen wir uns einen Plan B für die NINJAs überlegen!
Das war's auch eigentlich schon für diese Woche!
Erwähnenswert ist eventuell noch, dass es tatsächlich jeden Tag Kuchen gab.
Also vielleicht rolle ich einfach von Kopenhagen nach Deutschland zurück und spare mir den Flug!
Außerdem war ich im Tee-Kaufrausch!
Habe mir verschiedenste Sorten Chai-Latte gegönnt: Vanille, Zimt, Kakao, Karamell (himmlisch!).
Leider haben mein Wecker und Ich mittlerweile eine äußerst ungesunde Beziehung.
Er klingelt, ich mache ihn aus, und schlafe weiter...
Zu spät gekommen bin ich dadurch zwar noch nicht, aber habe schon zwei Mal mein Frühstück verdattelt
und ein Mal meine Dusche!
Das muss nächste Woche wieder besser werden.
Ansonsten wünsche Ich Euch jetzt einen schönen Start ins Wochenende!
Morgen startet hier schon der erste Weihnachtsmarkt am Nyhavn <3
Allerdings werde ich mir das wahrscheinlich noch ein bisschen aufheben.
Aber einen Plan fürs Wochenende habe ich eigentlich schon ;)
Bis dahin, Eure Heike!
Achjaaa:
Deichkind ist bei der 1Live Krone als beste Band nominiert!
Unter dem folgenden Link dürft Ihr gerne die Crew vom Deich supporten:
https://1livekrone.de/participants
Man kann sogar Tickets für die Verleihung gewinnen, also ran an den Speck und roll das Fass rein!
Fotoshooting AG Wenkel #26
Von links nach rechts (extra mit absteigender Größe!):
Valdeko Kruusvee (Postdoc, Estland), Anko Sebastiaan Blaakmeer (Doktorand, Niederlande),
Stephan Wenkel (Chef, Deutschland), Bin Sun (Doktorand und mein lieber Betreuer, China),
Kochi (Erasmus-Masterstudent, Deutschland), Sanne Matton (Erasmus-Masterstudentin, Niederlande),
Qingyuan Han (Masterstudentin, China), Sihua Zhu (Masterstudentin, China)