Work, work, work

Grüß Odin, Thor, Freya und Gott!

 Im letzten Wochenrückblick habe ich euch erzählt, dass wir die Pflänzchen in eine Aggrobakterium-Lösung getunkt haben.

Die Aggrobakterien befallen nun also die Plänts und transferieren die Gene für unsere sgRNAs in das Pflanzengenom.

Also hoffentlich (drückt die Daumen).

Das "floral dipping" von letzter Woche habe ich diese Woche nochmals wiederholt, um die Effizienz zu steigern.

Die Pflanzen stehen nun in einer Klimakammer und produzieren Samen.

Die Samen werden wir in ein paar Wochen ernten, und dann erzähle ich euch wie es weitergeht.

Das heißt, ich habe nun nichts mehr zu tun.

Deswegen habe ich spontan einen Flug auf die Malediven gebucht, wo ich die nächsten Wochen meinen Adonis-Körper bräunen, mich in die Wellen stürzen und Kokosnuss-Milch aus echten Kokosnüssen trinken werde.

Wir hören uns dann in ein paar Wochen wieder.

Gruß euer Playboy-Bunny!

Leider hatte Bin etwas gegen diesen perfekt ausgetüftelten Plan und ich muss an neuen Projekten arbeiten. Schluchz.

Diese fleißigen Chinesen aber auch...

Nebenprojekt 1:

Jedenfalls hatten Bin und ich in der ersten Woche des Praktikums bereits ein paar Pflänzchen gepflanzt,

mit denen wir jetzt erstmal ein bisschen weiterarbeiten.

Was hatten wir denn da angepflanzt?

Drei verschiedene Arabidopsis Pflanzen:

1) Wildtyp - also die ganz Normale

2) Little Ninja Overexpression - die Pflanzen stellen sehr viel von dem Protein "Little Ninja" her (Haaaaaja!!!)

3) JazD Knockout - die Pflanzen können das Protein "JazD" nicht mehr produzieren

Ich glaube, ich kann mir die Erklärungen zu den Proteinen sparen :D

Jedenfalls haben wir festgestellt, dass die Wildtyp-Pflanzen viel schneller und höher wachsen

als die beiden gentechnisch veränderten Pflanzen!

Fürs Erste haben wir mit den Pflanzen also ein Foto-Shooting veranstaltet.

Jede Pflanze wurde einzeln fotografiert und ihre Größe vermessen.

Da wir allerdings zu wenige Pflanzen gepflanzt haben, habe ich nochmal insgesamt 300 Samen

per Hand mithilfe eines Zahnstochers ausgesät... Das war etwas pfriemelig, aber irgendwie auch entspannend.

Jetzt wollen wir aber herausfinden, was innerhalb der Pflanzenzellen anders läuft als bei der Wildtyp Pflanze.

Eine Veränderung könnte zB sein, dass die Mutanten-Pflanzen bestimmte Gene unterschiedlich stark herstellen im Vergleich zur Wildtyp-Pflanze. Man möchte sich also Unterschiede in der "Genexpression" anschauen.

Wie untersucht man die Genexpression?

Gene, also DNA, werden im ersten Schritt der Protein-Herstellung in RNA umgeschrieben.

RNA ist sehr ähnlich zur DNA.

Das bedeutet, anhand der RNA kann man nachweisen, welche Gene wie stark in der Zelle aktiviert sind.

Also wollten Bin und ich die RNA der Pflanzen zunächst einmal isolieren.

Wie funktioniert das?

Man nehme die Pflanzen und schneide ihre Wurzeln ab.

Dann stopft man die Pflänzchen in kleine Röhrchen und schmeißt die Röhrchen in flüssigen Stickstoff (- 190 °C).

Dann zerstampft, zermahlt man die schockgefrosteten Pflanzen mit einem Mörser zu feinem Pulver.

Und aus dem Pulver heraus kann man dann mit einem sog. Kit die RNA isolieren.

Ein Kit ist wie ein Baukasten... Es enthält alle Puffer, Lösungen und sonstigen Kram, den man eben dafür benötigt.

Die RNA muss man im nächsten Schritt in cDNA umschreiben.

Das "c" steht hierbei für "complementary".

cDNA ist DNA, die aus RNA hergestellt wurde.

Diesen Prozess bezeichnet man als "Reverse Transkription".

Nun will man die cDNA auf ihre "Richtigkeit" überprüfen.

Das kann man unter anderem machen, in dem man checkt, ob die cDNA zB ein Housekeeping Gen enthält.

Ein Housekeeping Gen ist ein Gen in der Zelle, das immer aktiv ist.

Das Ganze wird mithilfe einer PCR überprüft.

PCR steht für Polymerase-Ketten-Reaktion.

Hier nutzt das Eiweiß "Polymerase" die cDNA als Vorlage, um das Housekeeping Gen herzustellen.

Das hat leider nicht optimal geklappt, soweit ich das am Freitag Abend beurteilen kann.

Nur eine von drei Proben konnte mir das Housekeeping Gen anzeigen.

Bin war allerdings schon im Wochenende - deshalb konfrontiere ich ihn am Montag damit!

Nebenprojekt 2:

Hier wollen wir untersuchen, ob das Protein "Little Ninja" an die Proteine "NINJA" und "JazD" bindet.

Wir machen also Protein-Interaktionsstudien.

Dieses Projekt ist schon fast publikationsreif - allerdings haben die "Reviewer"

(Leute, die das Paper lesen und noch Bedingungen vor der Veröffentlichung stellen können)

einige zusätzliche Experimente angefordert, die Bin und Ich durchführen wollen.

Zum Glück ist aber dementsprechend schon einiges an Vorarbeit geleistet worden!

Und Proteinsynthese habe ich auch schon in meiner Bachelorarbeit und in einem Masterpraktikum machen dürfen.

Das ist also nicht wirklich etwas Neues für mich - auch mal schön etwas Bekanntes in Kopenhagen zu erleben!

Im ersten Schritt wollen wir das Little Ninja Gen an ein sogenanntes "Tag" koppeln.

Solche "Tags" sind kleine Anhängsel, die die Proteinaufreinigung erleichtern.

Muss man sich folgendermaßen vorstellen.

Ich habe 2 unbekannte Substanzen in einem Glas, eine davon ist magnetisch und eine nicht-magnetisch.

Außerdem habe ich eine magnetische Säule.

Wenn ich die Substanzen jetzt in die Säule schmeiße, wird die magnetische Substanz an der Säule binden

und die nicht-magnetische hindurchfallen.

Damit kann ich die Substanzen gezielt voneinander trennen.

Im Prinzip ermöglichen Protein-Tags genau das!

Das Ziel-Protein wird aus einer Protein-Suppe aufgereinigt.

Also habe ich das Little Ninja Gen in einen Plasmid eingesetzt, der ein solches Tag beinhaltet.

Dann habe ich dieses Konstrukt in das Bakterium E.coli transformiert.

Anschließend habe ich den Plasmid aus dem Bakterium aufgereinigt und nächste Woche werde ich ihn per

Sequenzierung verifizieren. Also alles Techniken, die ich hier schon vorgestellt habe.

Gibt ja dann auch keine Rückfragen von eurer Seite, hab ich Recht? ;)

Nein, ich hab' keine Ahnung wer von Euch das hier überhaupt liest.

Ich würde es wahrscheinlich selbst nicht lesen, deswegen no offense!

Außer Arbeit gab es diese Woche auch nicht viel - war bisher die anstrengendste Woche denke ich.

Nächste Woche heißt es aber wahrscheinlich wieder Pub Quiz Night!

Allerdings hat unsere chinesische Masterstudentin den Feueralarm ausgelöst, als sie sich etwas in der Mikrowelle zum Frühstück warm machen wollte. Das war ziemlich witzig! Die Mikrowelle stinkt heute noch.

Deswegen gab es heute zum Wochenabschluss Entschuldigungs-Kuchen!

So kann man die Woche ausklingen lassen.

Kommt gut ins Wochenende! 

Es grüßt der Kopenhagener Jung, 

Jonas Olaf der Vierte

Memes #20